Dopo la forzata chiusura di fine ‘700 il monastero, che alla metà del ‘900 era abitato da famiglie del luogo, è andato gradualmente impoverendosi e decadendo, soggetto a furti e vandalismi di ogni genere e all’impietosa azione delle intemperie, tanto che nel gennaio del 1985 l’eccezionale nevica che si abbatté sulla Lombardia quell’anno fece crollare un’ala del chiostro.
A tutto ciò si deve aggiungere il poco interesse dimostrato per la sua sorte dai vari proprietari privati, prima alcune ricche famiglie del posto e poi una società immobiliare, che negli anni ’70 ha costruito, adiacente all’ex convento, il “Residence Monastero”, abbattendo anche uno dei due grandi chiostri del complesso, fino a quando, nel 1983, ne è venuta in possesso l’Amministrazione Comunale di Missaglia.